Wetenschappelijke jury’s, ingesteld door de kenniscoalitie,  beoordeelden de ingediende vragen.  De Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW) coördineerde dit proces. Uiteindelijk zijn de bijna 12 000 ingediende vragen onderverdeeld onder 140 overkoepelende vragen. Deze 140 vragen vormen samen de Nationale Wetenschapsagenda.