Vanuit de kenniscoalitie is een stuurgroep ingesteld die verantwoordelijk is voor de ontwikkeling van de Nationale Wetenschapsagenda. De stuurgroep staat onder voorzitterschap van hoogleraren Beatrice de Graaf en Alexander Rinnooy Kan. De voorzitters zijn voorgedragen door de kenniscoalitie. De kenniscoalitie wordt ondersteund door een secretariaat dat bestaat uit medewerkers van partijen uit de kenniscoalitie. Het secretariaat is ondergebracht bij NWO. De ministeries van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap en Economische Zaken treden namens het kabinet op als opdrachtgever.
Het kabinet beoordeelt de wetenschapsagenda op basis van de opdrachtomschrijving en stelt deze uiteindelijk vast.